商船系成立于2003年，现设有交通运输、物流管理、供应链管理、航海技术（陆上方向）四个本科专业和交通运输、物流管理两个专升本专业，其中交通运输专业和物流管理专业已列为学院重点建设的一流专业；供应链管理专业为新文科专业。目前全系学生1052人，已培养6200多名毕业生，部分毕业生已成为航运企业、物流企业、海事局和引航站等领域的业务骨干，为促进国际贸易、社会经济发展做出了积极的贡献。

商船系在依托集美大学师资及实验设施设备的基础上，致力于推进应用型学科建设，先后投入1500多万元推进省级船舶交通虚拟仿真实验中心和省级精品课程建设，持续改善教学条件。针对各专业特点，重视自有师资队伍的培育，坚持以培养基础扎实、特色明显、具有创新精神和社会责任感的国际航运及供应链管理的应用型人才为培养目标，根据市场导向和科学技术的发展完善培养方案，改进教学方法，努力提高教学质量。

商船系拥有一支充满活力的教学和管理团队，现教职工22人，其中专任教师13人，专任教师均具硕士学位，副教授及以上职称4人、中级职称7人、初级职称2人。商船系一贯重视师资队伍的培养，鼓励教师开展科学研究，提升教师自身素质。以质量体系为抓手，全面监控教学过程，加强日常教学管理。关注学生实践能力和创新意识的培养，聘任客座教授、企业高管开设讲座，与中远海运、京东物流等多家大型企业建立校企合作，重视校外实习实训基地建设，鼓励并指导学生参加学科竞赛、发挥学生专业社团作用，拓展学生素质。

商船系始终秉承“诚毅”校训，树立服务意识，重视教师队伍培养，鼓励教师开展科学研究，提升教师自身素质，在争创“一流专业”、“一流学科”、“一流诚毅”。

（以上数据截至2023年4月）